ストーリーを追体験しながら進行するまどドラにおけるメインコンテンツの一つ。
ゲーム開始直後は、『魔法少女まどか☆マギカ』しか選択出来ないが、『魔法少女まどか☆マギカ外伝マギアレコード』や『[新約]魔法少女おりこ☆マギカ』などのストーリーも選択できるようになる。

各種ストーリーコンテンツには、魔女やウワサのデザインを模した窓が入り口になっている。
選択した結界内に配置されたBossを討伐することで次の結界が出現する。

記憶の窓出現順は以下の通り

バトルのみ発生

結界に対応したキオクの姿になり、結界内部を探索できる

結界内での出来事を象徴するセリフやシーンを切り抜いた演出が発生

バトルもストーリーもないが、少量のマギカストーンと育成アイテムを獲得できる。

各ステージのポイントには『記憶の光』が散りばめられており、記憶の光をカテゴリー毎にコンプリートすることでピュエラピクトゥーラのピースを獲得することができ、すべてのピースを獲得することでピュエラピクトゥーラに描かれるポートレイトを獲得できる。

記憶の光は『物語』と『その他』の二種類があり、それぞれのカテゴリーをコンプリートすることでピュエラピクトゥーラランクが1つ上がる。
また、ステージ内の記憶の光を全て集め、Bossを討伐することでフルコンプリートとなり、この場合もランクが1つ上がる。